航空业是受此次新型冠状病毒疫情影响最严重的行业之一，特别是经营旧金山国际航线的航空公司。旧金山国际机场发言人表示，原本人挤人的国际航厦现在的客流量只剩去年同期的七成。
旧金山机场发言人指出，澳洲航空（Qantas Airways）是该机场最近调整幅度最大的航空公司，澳航本周表示，他们已暂时取消两条旧金山航线，加上一架波音747客机意外被退还，未来六个月的载客数量将减少约25%。澳航还表示，从4月18日到9月中旬，他们将取消每周三班的旧金山布里斯本航线，和每周四班的旧金山墨尔本航线，但不会取消旧金山飞雪梨的直飞航线，不过，从4月18日起，将重新以747客机取代目前使用的787梦幻客机。
联合航空（United Airlines）上周也表示，从3月8日到4月30日，他们的旧金山首尔航线班次，将从每日一班削减为每周三班，其他亚洲航线的班次也会减少，例如新加坡和大坂。在上个月暂停大部分飞中国的航线后，联航接着也暂停了飞香港、上海和成都的航线。
在爆发新冠疫情后，许多亚洲航空公司都已暂停或减少飞往旧金山的航线。中国东方航空（China Eastern）和南方航空（China Southern）目前全面暂停旧金山航线，南韩韩亚航空（Asiana Airlines）的旧金山航线将暂停至4月中旬（虽然与疫情无关），国泰航空（Cathay Pacific）香港飞旧金山的航线也从每日三班，减少为每日一班。
除了受到新冠疫情的影响，旧金山机场的国际游客数量，也因为最近几个月多家欧洲廉价航空公司倒闭的关系，显着减少，倒闭的欧洲廉价航空包括义大利航空（Air Italy）、冰岛航空（Icelandair）、沃奥航空（WOW）、特大航空（XL Airways）和柏林航空（Air Berlin）。
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