波士顿南站(South Station)将进行两项重大更改，包括建造一近700尺办公塔楼，以及在通勤火车站增设地铁式收费门，未来数年可能增加站内尖峰时段混乱。
此次南站的整修规模是前所未有的。这个将在当前露天轨道上修建的塔楼将需要关闭大多数从车站到站台的门，迫使乘客只能从车站西端的少数几个门进入。同时，多个连接室内大厅和站台的走道将最早在7月关闭，MBTA将用混凝土填充部分轨道延展部分来容纳更多乘客。
另外，今秋MBTA与通勤火车运营方Keolis，计画在站台外部区域安装类似地铁站的收费门。当前，南站13个站台服务八条MBTA不同线路和Amtrak火车。当前室内大厅到月台共有十个门，今年夏天由于工程将减少到五个门，走道空间也会超过三分之二。
MBTA和Keolis正在与来自休斯顿的塔楼开发商Hines合作，尽量减少对乘客影响。工程预计将持续近五年。因此，这两个机构计画将开放的五个门改为折叠式而非当前滑动式，方便人流通过。
室外走道区域将增加约4000尺空间，还将在出入口增加电子显示牌来引导乘客。同时，MBTA推荐乘客多使用位于Atlantic Avenue的入口，可直接进入火车站台，而不需要经过室内大厅；不过，另一个与外面街道连接、位于Summer Street的出入口在工程期间会关闭。
Hines公司代表在声明中表示，从长远来看，现在的影响是值得的，如该公司将重建南站的巴士总站，将其与新塔楼连接，这样乘客不需要经过火车站台进入巴士总站。
波士顿另外两个繁忙的车站北站(North Station)和背湾站(Back Bay Station)也将增加通勤火车收费门。不过仅有南站会有其他大型建筑工程同时进行。
北站当前已经建好了多座新楼，增加了出入口和走道；背湾站预计未来也会修建一系列新楼，不过开发商表示将需要与州府合作，因为工程涉及多个活跃铁路和公路设施。
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