很长一段时间以来，MBTA的车站问题重重。据《波士顿环球报》9月10日报道，MBTA2017年的一份评估显示，在MBTA378个车站和停车场中，超过一半的设施急需修理。评估报告为交通设施现状打分，满分为5分，57%的车站及停车场只有2分，这其中近8成设施只有1分，状况堪忧。
在地铁橙线上，20个地铁站中有11个被评级为1，红线的22个车站中有9个，蓝线有3个。这些低分车站中不乏大人流量的重要枢纽：南站(SouthBoston)、后湾站(BackBay)、市中心站(DowntownCrossing)和肯尼迪/麻州大学站(JFK/UMass)。
虽然麻州交通局计划花数亿元对MBTA交通系统进行升级，但麻州交通局局长波拉克(StephaniePollack)表示，目前交通局还是将购买新车、改善铁路状况为首要目标，因为这些方面将更直接影响通勤。“如果车辆或铁路不安全，那么建再好的车站也无法缩短乘客的通勤时间或改善线路安全性。”波拉克说。
然而，年久失修的地铁站已经给居民生活带来了困扰。温彻斯特优美的城镇公园对面则是一座20世纪50年代的通勤火车站。火车站常年被施工架围绕著，工人们也已经有好几年没有来施工了。居民麦克唐纳(TamaraMcDonald)表示担心此车站迟早有一天会坍塌。
MBTA向《波士顿环球报》提供了一份电子表格，上面列出了各个车站的分数。《波士顿环球报》分析表示，有漏洞或破碎的混凝土路面可能是导致众多车站评分较低的因素之一，停车路面不平或电梯有损也可能导致评级降低。但是评级上也有一些不一致的地方。例如，橙线塔夫茨医疗中心站被评为了4分，尽管在当时该站的电梯坏了。此外，车站年龄仍然是一个因素。已有120年历史的博尔斯顿(Boylston)站虽无明显损坏问题，但也被评为了1分。据称部分新车站也受到了不良评分：南站的银线(SilverLine)车站于2002年开放，但由于渗水而被评为1分。华埠橙线站也被评为1分，其最明显的缺陷在于缺少部分地砖以及部分路面没有刷油漆。
MBTA交通部计划在15年内升级所有车站和设备。波拉克承认此计划将会是一个“巨大的挑战”。该机构目前正在进行为期5年、耗资80亿元的改善项目，其中包括翻新南岸(SouthShore)的两个停车库、改善后湾站的新通风系统以及红线沃拉斯顿(Wollaston)和温彻斯特中心通勤站全面改造。
目前，MBTA已在解决较小的问题，聘请首席客户官来负责改善车站照明、路标和其他固定装置。州长碧加也已为此拨给州交通局创纪录的资金。波拉克表示，即使有更多的资金可用，MBTA车站的改善也需要时间。
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